सीसीएमबी को यूनेस्को के ग्लोबलनेटवर्कऑफमॉलिक्यूलरएण्डसेलबायोलॉजी द्वारा एक उत्कृष्ट केन्द्र के रूप में चयनित किया गया है ।
सीसीएमबी को थर्डवर्ल्डअकादमीऑफसाईंसेज (TWAS), इटलीद्वारा शोध एवं प्रशिक्षण के लिए उत्कृष्ट दक्षिणी केन्द्र का दर्जा प्रदान किया गया है ।
सीसीएमबी को विज्ञानतथाप्रौद्योगिकीकेक्षेत्रमेंमहत्वपूर्ण उपलब्धियों के लिए फेडरेशन ऑफ इंडियन चैंबर्स ऑफ कॉमर्स एंड इंडस्ट्री (FICCI) द्वारा पुरस्कृत किया जा चुका है ।
सीसीएमबी को आईसीआईसीआई लिमिटेड (ICICI Ltd.) एवं आंध्रप्रदेश सरकार, हैदराबाद द्वारा संयुक्त रूप से शुरू किए गए आईसीआईसीआईनॉलेजपार्ककीसदस्यताप्राप्त है।
बायोइन्फॉर्मेटिक्स की उन्नति के लिए सीसीएमबी को एक अंतर्राष्ट्रीय वेबसाइट एपीबायोनेट (AP Bionet) कीसदस्यताप्राप्त है ।
सामान्य प्रजातियों की जाँच और पहचान को विकसित करने के लिए सीएसआईआर प्रौद्योगिकी पुरस्कार ।
प्रोटीन की अधिकता दर्शाने के लिए साल्ट इन्ड्यूसिबल वेक्टर विकसित करने पर सीएसआईआर टेक्नोलॉजी अवार्ड।
ट्रांसजेनेसिक ड्रोसोफिला प्रणाली में कैंसर विरोधी कारक की जाँच और पुष्टि के लिए सीएसआईआर प्रौद्योगिकी पुरस्कार ।
ग्रामीण विकास हेतु एस एंड टी नवप्रवर्तन के लिए सीएसआईआर अवार्ड
‘बायोटेक उत्पाद और विकासात्मक प्रकिया और व्यवसायिक पुरस्कार-2016’ उन्नत किस्म के सांबा मसूरी चावल की संवर्धन और विस्तार के लिए जैव प्रौद्योगिकी विभाग, नयी दिल्ली द्वारा भारतीय चावल अनुसंधान संस्थान के साथ संयुक्त रूप से ।