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आरंभ में सीसीएमबी की स्थापना दिनांक 01 अप्रैल, 1979 को, उस समय की क्षेत्रीय अनुसंधान प्रयोगशाला (वर्तमान में भारतीय रासायनिक प्रौद्योगिक संस्थान) के जैव रसायन प्रभाग के अंतर्भाग के रूप में की गई और डॉ. पीएम भार्गव इस केन्द्र के प्रमुख थे । इसके पूर्व, देश भर में 44   शोध संस्थानों को स्थापित करने वाली शीर्ष संस्था वैज्ञानिक तथा औद्योगिक अनुसंधान परिषद् (सीएसआईआर) को इसके शासकीय मंडल द्वारा वर्ष 1978 में आधुनिक जीवविज्ञान के क्षेत्र में अग्रगामी एवं बहु-आयामी शोधकार्य की दृष्टि से महत्वपूर्ण इस केन्द्र की स्थापना के प्रस्ताव को मंजूरी दी गई । वर्ष 1981-82 के दौरान सीसीएमबी को एक पूर्ण विकसित राष्ट्रीय प्रयोगशाला का दर्जा दिया गया जो अपनी कार्यकारिणी समिति एवं वैज्ञानिक परामर्शदात्री परिषद् से युक्त था । इसे विस्तार रूप देने की योजनाओं के उद्देश्य से इसे एक विस्तृत परिसर में एक पुन:स्थापित करने का निर्णय लिया गया ।