इंजीनियरिंग अनुभाग सीसीएमबी के तीनों परिसरों में सुविधाओं के संचालन और रखरखाव की जिम्मेदारी लेता है। इनमें वर्कशॉप, सेंट्रलाइज्ड एयर कंडीशनिंग, क्लास 10K क्लीन रूम, बायो-सेफ्टी लेवल II और III लैब, अल्ट्रा लो फ्रीज़र, वॉक-इन कोल्ड रूम, वॉक-इन फ्रीज़र रूम, पाइप्ड गैस सप्लाई, प्री-ट्रीटेड वॉटर आपूर्ति, तरल नाइट्रोजन, 3000 केवीए बैक-अप जनरेटर सेट, 33 केवी और 11 केवी एचटी सब स्टेशन, वितरण प्रणाली और 30 किलोवाट सौर ऊर्जा यूनिट जैसी सुविधाएँ शामिल हैं।